O Comitê de Ética do UNIDEP foi criado em 2007 para defender os interesses dos participantes da pesquisa em sua integridade e dignidade e para contribuir para o desenvolvimento da pesquisa dentro de padrões ético-científicos.

Em 2019 o CEP-UNIDEP foi devidamente credenciado à Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP), sob o registro CEP-9727 junto ao Sistema Plataforma Brasil. Conferindo as condições necessárias para regulamentar, analisar e fiscalizar a realização de pesquisa clínica e experimental envolvendo seres humanos no âmbito do complexo compreendido pelo UNIDEP e comunidade em geral.